Miller đã miêu tả mình là một người queer[14]: "Tôi không xác định bản thân là gay (đồng tính). Tôi chủ yếu bị thu hút bởi phái nữ, nhưng tôi đã hẹn hò cùng nhiều người và luôn cởi mở về chuyện yêu đương. Tôi có nhiều bạn bè thuộc nhiều giới tính khác nhau. Tôi có thể yêu bất cứ ai mà không cần xác định cụ thể họ như thế nào."[14][23] Miller cũng đã tuyên bố trong một cuộc phỏng vấn rằng Miller đã phát hiện ra mình "thích hôn các chàng trai" khi còn nhỏ.[24] Dù không nói rõ, nhưng mọi người thường cho rằng Miller là một người song tính (bisexual).[25]

Vào ngày 28 tháng 6 năm 2011, tại Pittsburgh, Pennsylvania, nơi Miller đang quay phim The Perks of Being a Wallflower, Miller là hành khách trong một chiếc xe bị kéo đi vì một chiếc phanh bị hỏng, và cảnh sát phát hiện diễn viên này có 20 gram cần sa.[26] Lúc đầu diễn viên bị truy tố về tội tàng trữ ma túy, nhưng cáo buộc này sau đó đã bị một thẩm phán bác bỏ. Thay vì những cáo buộc này, Miller phải đối mặt với hình phạt 600 đô la vì hai trích dẫn hành vi lăng mạ. Miller sau đó nhận xét: "Tôi không cảm thấy có gì cần phải giấu, thực tế là tôi có hút. Đó là một chất thảo dược vô hại làm tăng cảm giác".[27]